1991 übernahm Dr. Gert Kleijer die Leitung der Genbank in Changins. Er stellte fest, dass es eine grosse Anzahl von öffentlichen und privaten Akteuren gab, die sich für die Erhaltung alter Sorten engagierten. Jedoch fehlte eine Plattform, über welche sie sich zu diesem Thema treffen und austauschen konnten. So kam es, dass Gert Kleijer im selben Jahr das erste Treffen zwischen den Akteuren im Bereich Kulturpflanzenerhaltung organisierte. Es war ein voller Erfolg. Danach wurden drei Arbeitsgruppen gebildet, um die Zusammenarbeit zwischen den verschiedenen Akteuren der Erhaltung zu konkretisieren: eine Gruppe Wildpflanzen, eine Gruppe Obst und eine Gruppe (andere) Kulturpflanzen. Die beiden letzteren schlossen sich schon bald zusammen.

Als Ergebnis wurden, ebenfalls 1991, die Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Kulturpflanzen (SKEK) und die Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Wildpflanzen (SKEW) gegründet.

Die Koordination einer Vielzahl von Akteuren, die alle ihre eigene Arbeitsweise hatten, erforderte die Schaffung einer Organisation mit dem Ziel, die Fragen, die sich bei der Erhaltung der genetischen Ressourcen in der Schweiz stellten, besser zu erfassen und zu koordinieren. Die Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Kulturpflanzen (SKEK) hat in all den Jahren ihrer Tätigkeit wissenschaftliche Institutionen, Einzelpersonen und private Organisationen für die Notwendigkeit gemeinsamer Anstrengungen zur Erhaltung unseres kulturellen Erbes sensibilisiert. Sie hat konkrete Sammlungs- und Erhaltungsprojekte angestossen.

Im Juni 1992 übernahm Monique Derron als erste Geschäftsführerin die Leitung der SKEK und der SKEW. Das Interesse für die Tätigkeiten der beiden Kommissionen und der Arbeitsaufwand wuchsen rasch, so dass man sich entschloss, sie zu trennen. Monique Derron übernahm die Leitung der Kommission für Wildpflanzen (heute Info Flora) und Beate Schierscher-Viret jene der SKEK. Seit 2013 ist Agnès Bourqui die Geschäftsführerin der SKEK.

Die SKEK als Netzwerk von öffentlichen und privaten Organisationen hat 1997 an der Erarbeitung des Nationalen Aktionsplans (NAP-PGREL) mitgearbeitet und ab 2000 die «Konzepte zur Erhaltung und Nutzung der pflanzengenetischen Ressourcen in der Schweiz» erstellt. Der Bund finanziert seit 1999 im Rahmen des NAP Projekte zur Erhaltung der genetischen Vielfalt alter Sorten (PGREL). Von 2000 bis 2013 hat die SKEK in Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) einen Teil der Koordinationsarbeiten des NAP-PGREL übernommen und die Nationale Datenbank (BDN) entwickelt und betrieben. Von Beginn an wurden zahlreiche NAP-Projekte von Mitgliedern der SKEK übernommen.

Seit Mai 2000 ist die SKEK ein privater, öffentlich-rechtlicher Verein. Seit 2017 ist sie als gemeinnützig anerkannt.

Weitere Informationen: Etat des ressources phytogénétiques en Suisse (2007)